كتاب فيه‌ما‌فيه به يك معنا مثنوی منثور است. بسياری از آنچه که مولانا در مثنوی به نظم گفته، در فيه‌ما‌فيه به شرح شكافته. تفاوت ديگر اين دو كتاب، شايد در هيبت مثنوی و صميميت فيه‌ما‌فيه باشد.

مهندس بازرگان دنبال تغيير فيزيك نبود. او فقط می‌خواست بگويد علم فی‌الواقع اسلامی است. وقتی علم وارد جهان اسلام شد، سيد جمال‌الدين اسدآبادي نظرش اين بود كه علم اروپايی‌ها ادامۀ علم خود ما مسلمانان است. بازرگان هم نگاهش به نسبت اسلام و علم جديد، مثل نگاه سيد جمال بود.